بدأت جامعة السلطان زين العابدين (UniSZA)  كـكلية السلطان زين العابدين الاسلامية المعروفة بـ KUSZA. بدأت KUSZA عمليتها في 1 يناير 1980 في باتو بوروك قبل أن تنتقل إلى مبنى حاجة ووك في بولاو كامبينغ سنة 1981.

أكملتْ KUSZA ترقيتها إلى جامعة وطنية كاملة وعُرِفتْ باسم جامعة دار الإيمان ماليزيا (UDM) وحولتْ إلى  اسم جديد في 14 مايو2010  وهو جامعة السلطان زين العابدين (UniSZA). وقد استخدمتْ UniSZA اسم صاحب المعالي الملكي ترنجانو، المرحوم السلطان زين العابدين المعظم شاه الثالث ابن المرحوم السلطان أحمد معظم شاه الثاني، السلطان الحادي عشر. استخدمتْها اسمًا للتَّذْكير بجهودهِ في نشر العلم والدين في ترنجانو.

وتم تقديم UniSZA شعارها الجديد في 29 نوفمبر 2013. حاليًا، تركّزتْ UniSZA في ثلاثة حرم، وهي الحرم الرئيسي غونج بداق (كوالا نرُوس)، والحرم الطبي (كوالا ترينغانو) و الحرم بسُوت. وهناك أيضًا مكتب الخاصة في بوتراجايا.