Universiti Sultan Zainal Abidin (UniSZA) bermula sebagai Kolej Ugama Sultan Zainal Abidin (KUSZA). KUSZA mula beroperasi pada 1 Januari 1980 di Batu Burok sebelum berpindah ke Bangunan Hajah Wook di Pulau Kambing pada 1981.

KUSZA telah dinaik taraf sebagai sebuah universiti dan dikenali sebagai Universiti Darul Iman (UDM). UDM telah menjalani proses penjenamaan semula pada 14 Mei 2010 dan kemudiannya dikenali sebagai Universiti Sultan Zainal Abidin (UniSZA). Nama Almarhum Sultan Zainal Abidin III Muazzam Shah ibni Almarhum Sultan Ahmad Muazzam Shah II, Sultan Terengganu ke-11 diguna pakai bagi mengenang jasa Duli Yang Maha Mulia Almarhum Sultan dalam menyebarkan ilmu dan agama di negeri Terengganu.

Pada 29 November 2013, logo baru UniSZA telah diperkenalkan. UniSZA kini beroperasi dengan tiga kampus iaitu Kampus Gong Badak (Kuala Nerus) sebagai kampus induk, Kampus Perubatan (Kuala Terengganu) dan Kampus Besut serta satu pejabat satelit yang beroperasi di Putrajaya.